PROJECTOS DE INVESTIGAÇÃO
CIENTÍFICA E DESENVOLVIMENTO TECNOLÓGICO
DBYeast:
Infraestruturas e algoritmos para análise e identificação de redes de regulação
genética
RELATÓRIO FINAL
Relatório de Execução Material
REFERÊNCIA DO PROJECTO Nº POSI/EIA/57398/2004
Data de
Entrada_____________________ Data
de Verificação__________________ Nº de Registo ______________________ Assinatura ________________________ Espaço reservado à Fundação
para a Ciência e a Tecnologia
Identificação da instituição proponente
Nome ou designação social INESC-ID: Instituto de Engenharia de
Sistemas e Computadores, Investigação e Desenvolvimento em Lisboa
Morada:
R. Alves Redol 9
Localidade:
Lisboa Código
postal: 1000
Telefone:
213100300 Fax:
213145843 Email:
aml@inesc-id.pt
Unidade responsável pela execução
do projecto
Morada:
R. Alves Redol 9
Localidade:
Lisboa Código
postal: 1000
Telefone
: 213100228 Fax :
213145843 Email:
aml@inesc-id.pt
Identificação do investigador
responsável
Nome:
Arlindo Manuel Limede de Oliveira
Telefone
: 213100228 Fax :
213145843 Email:
aml@inesc-id.pt
Instituições
que participam no projecto
Não houve desvios relativamente ao projecto
original nas instituições que participam, que continuam a ser o INESC-ID, grupo
ALGOS/KDBIO e o grupo BSRG do IBQF.
Equipa de investigação em 2007
|
|
CARGO/FUNÇÃO |
TAREFAS |
%TEMPO |
INSTITUIÇÃO |
|
Arlindo Manuel Limede de Oliveira |
Invest. Principal |
Coordenação T1, T2, T3, T4 |
35 |
INESC-ID |
|
Ana Teresa Correia de Freitas |
Investigadora |
T1, T2 |
35 |
INESC-ID |
|
Marie-France Sagot |
Investigadora |
T3 |
10 |
INRIA |
|
Sara Alexandra Cordeiro Madeira |
Investigadora |
T3 |
50 |
INESC-ID |
|
Luís Manuel Silveira Russo |
Investigador |
T2 |
50 |
INESC-ID |
|
Pedro Tiago Gonçalves Monteiro |
Investigador |
T1, T4 |
20 |
INESC-ID |
|
Alexandra Sofia Martins de Carvalho |
Investigador |
T2 |
20 |
INESC-ID |
|
Miguel Nobre Parreira Cacho Teixeira |
Investigador |
T1, T5 |
15 |
IBQF |
|
Marta Bebiano Alenquer |
Investigador |
T1, T5 |
20 |
IBQF |
|
Isabel Maria de Sá-Correia |
Investigador |
T1, T5 |
5 |
IBQF |
|
Nuno Gonçalo Pereira Mira |
Investigador |
T1, T5 |
20 |
IBQF |
|
Mauro Dala |
Bolseiro |
T4 |
80 |
INESC-ID |
|
Maria Sofia Reis Orey |
Bolseira |
T4 |
50 |
INESC-ID |
|
Nuno Alexandre Horta Nobre |
Bolseiro |
T4 |
33 |
INESC-ID |
|
José Alberto Amoreira Casteleira Alves |
Bolseiro |
T4 |
33 |
INESC-ID |
Em anos anteriores, participaram ainda no
projecto:
|
Artur Pedro Duarte Reis Lourenço |
Bolseiro |
T1 |
60 |
INESC-ID |
|
Maria Alexandra Núncio de Carvalho |
Investigadora |
T1, T5 |
15 |
IBQF |
Esforço global do projecto,
expresso na unidade pessoa*mês
Unidade: em número
Instituição Proponente (INESC-ID) 119
Instituto de Biologia e Química Fina 27
Objectivos
O projecto foi planeado
em 5 tarefas, que correspondem, de forma geral, aos objectivos principais do
projecto.
T1 - Base de dados para
processos regulatórios em Yeast
T2 - Algoritmos
combinatórios para análise de sequências
T3 - Aplicação de
algoritmos de biclustering para identificação de motivos regulatórios
T4 - Integração de
ferramentas e disponibilização dos sistemas
T5 - Análise de dados
reais usando as ferramentas desenvolvidas
Todas as tarefas foram
levadas a cabo, tendo sido atingidos os objectivos gerais do projecto,
nomeadamente:
- Criação e
disponibilização para a comunidade científica de um sistema de informação que
suporte o estudo de mecanismos de regulação genética no organismo modelo S.
cerevisiae.
- Desenvolvimento de
métodos e algoritmos para a análise de mecanismos de regulação genética.
- Aplicação e uso do
sistema e algoritmos desenvolvidos a problemas biológicos.
Descrição das actividades
No âmbito da tarefa T1, foi
desenvolvido o sistema de informação YEASTRACT [J.1][J.2][T.2][C.4], que foi
alvo de publicação numa prestigiada revista da especialidade, tendo este
sistema sido extensivamente usado pela comunidade científica internacional.
Este sistema, desenvolvido em estreita colaboração entre os grupos do INESC-ID
e do IBQF/
Desde a disponibilização do sistema, em Janeiro de
2006, a base de dados tem sido actualizada regularmente, contendo agora 30990
associações de regulação e descrevendo 284 locais de ligação ao
No âmbito da tarefa T2, foram
desenvolvidos, conforme planeado, modelos e algoritmos para a análise de regiões
promotoras.
A primeira componente
desta tarefa consistiu no desenvolvimento de algoritmos fundamentais para indexação
e procura aproximada em bases de dados de sequências
[C.1][C.3][C.7][C.8][C.21], considerando tanto o caso em que os dados são
armazenados sem compressão, como o caso, muito relevante para esta aplicação,
da indexação de dados comprimidos. Este trabalho deu origem a uma tese de
doutoramento [T.8].
A segunda componente
desta tarefa consistiu no desenvolvimento de modelos e algoritmos para a
identificação de motivos em regiões promotoras. Os diversos algoritmos
desenvolvidos foram publicados em revistas e conferências da especialidade
[J.4][J.5][C.6][C.9][C.12][C.19][C.20][C.22]. No contexto desta tarefa decorreu
uma tese de doutoramento [T.9], e foram defendidas três teses de mestrado
[T.1][T.3][T.7]. As duas ferramentas computacionais desenvolvidas foram
disponibilizadas à comunidade científica [A.1][A.2].
No âmbito da tarefa T3, foram
desenvolvidos algoritmos para a análise de expressão, e para a integração
destes dados com dados de sequência, com o objectivo de identificar mecanismos
e módulos regulatórios. No âmbito desta tarefa, foram publicados diversos
artigos em conferências internacionais [C.2][C.11][C.15][C.17][C.18], nacionais
[C.23][C.24][C.25][C.26][C.27] e elaborados diversos relatório internos
[R.1][R.2][R.3][R.4][R.5][R.6]. O software desenvolvido no âmbito desta tarefa
será disponibilizado para a comunidade científica durante o primeiro semestre
de 2008. No âmbito desta tarefa decorreu uma tese de doutoramento [T.10], duas
teses de mestrado [T.5][T.6] e uma tese de graduação [T.5].
A tarefa T4, integração
de sistemas, foi desenvolvida em paralelo com as tarefas T1, T2 e T3, sendo
indispensável à disponibilização do sistema para uma vasta comunidade de
utilizadores. O continuado desenvolvimento do sistema, tanto de um ponto de
vista da estrutura computacional, como de manutenção da qualidade dos dados,
não tem um reflexo directo em publicações, dado tratar-se de uma actividade
fundamentalmente de suporte. No entanto, esta tarefa foi fundamental para que o
sistema se mantivesse operacional e actualizado. O resultado da integração das
diversas componentes traduz-se de forma mais directa no artigo [J.7], aceite
para publicação na Nucleic Acids Research no final do ano 2007. Estiverem mais
directamente envolvidos nesta tarefa o investigador Pedro Monteiro, e os
bolseiros Sofia Orey, Mauro Santos, João Casteleiro e Nuno Nobre.
Finalmente, a execução
da tarefa T5 permitiu validar o sistema desenvolvido, tendo sido obtidos
diversos resultados de grande relevo. O sistema foi intensamente validado,
tanto por utilizadores exteriores, como por investigadores do projecto. A
execução da tarefa T5, coordenada pela Profª Isabel Sá-Correia, baseou-se na condução
análises globais das alterações à expressão dos genes de levedura exposta a
stresses químicos diversos, ao nível do transcritoma e/ou do proteoma. Os
resultados foram analisados com recurso às ferramentas desenvolvidas no âmbito
deste projecto. Estão neste momento em preparação artigos que descrevem a
resposta global da levedura a dois stresses químicos, tendo sido já publicados diversos
artigos [J.3][J.6][J.8] e efectuadas diversas comunicações em conferências internacionais
[C.10][C.13][C.14][C.16].
Objectivos Atingidos
O projecto decorreu de
acordo com o previsto, tendo sido atingidos todos os objectivos da proposta
original. É de referir que foi alcançado o grande marco de tornar disponível
para a comunidade científica o sistema Yeastract, que alcançou grande impacto
na comunidade científica da área.
Para além do sistema
Yeastract, objectivo fundamental do projecto, foram desenvolvidos diversos
métodos e algoritmos para a análise de mecanismos regulatórios, que foram
publicados nas mais prestigiosas revistas e conferências da especialidade, e
foram aplicadas as ferramentas desenvolvidas a problemas reais.
O projecto suportou um
conjunto de actividades de investigação muito significativo, tendo dado origem
a um número muito significativo de dissertações.
O valor dos indicadores
de produtividade encontra-se aproximadamente dentro do esperado. O desvio entre
o número de artigos em revista previsto e obtido será colmatado, em parte, por
diversas publicações que se encontram ainda em fase de revisão, e que virão a
concretizar-se nos meses seguintes ao término do projecto. Dada a necessidade
de elaboração deste relatório ainda em 2007 (imposta pela FCT), não foi
possível incluir dados sobre estas publicações.
Publicidade aos apoios
O apoio do POSC foi
amplamente reconhecido, tendo agradecimentos ao projecto sido explicitamente
incluídos nas publicações e sites mais relevantes. O logo do POSC e um
agradecimento ao projecto foi explicitamente incluído na página do sistema
Yeastract (ver ficheiro em anexo).
Execução Financeira
A execução financeira do
projecto decorreu, essencialmente, de acordo com o planeado. Os ajustes de
pormenor e as transferências entre rúbricas soliticitados são pouco
significativos face ao montante total financiado, e foram devidamente
justificados em correspondência com a FCT.
Indicadores de realização física
(Referente à totalidade do
projecto)
Unidade: em número
A-
Publicações
Livros
Artigos em revistas internacionais 7
Artigos em revistas nacionais 1
B-
Comunicações
Em congressos científicos
internacionais 21
Em
congressos científicos nacionais
C- Relatórios 6
D- Organização de seminários e conferências
E- Formação Avançada
Teses de Doutoramento 1 (terminada) 2 (em curso)
Teses de Mestrado 5
Graduação 1
F- Modelos
G-
Aplicações computacionais 2
H- Instalações Piloto
I- Protótipos laboratoriais
J- Patentes
L-
Páginas Web 2
Publicações
Artigos em revistas
científicas:
[J.1] Miguel C. Teixeira
and Pedro Monteiro and Pooja Jain and Sandra Tenreiro and Alexandra R.
Fernandes and Nuno Mira and Marta Alenquer and Ana T. Freitas and Arlindo L.
Oliveira and Isabel Sá-Correia, A Bioinformática e as Bases de Dados: o exemplo
de uma Base de Dados para Análise de Mecanismos de Regulação em Levedura, ,
81(), pp. 23-31, Aug. 2005, Sociedade Portuguesa de Biotecnologia.
[J.2] Miguel C. Teixeira
and Pedro Monteiro and Pooja Jain and Sandra Tenreiro and Alexandra R.
Fernandes and Nuno P. Mira and Marta Alenquer and Ana T. Freitas and Arlindo L.
Oliveira and Isabel Sá-Correia, The YEASTRACT database: a tool for the analysis
of transcription regulatory associations in Saccharomyces cerevisiae, Nucleic
Acids Research, 34(), pp. D446-D451, Jan. 2006, Oxford Journals.
[J.3] Miguel C. Teixeira,
Alexandra R. Fernandes, Nuno P. Mira, J. D. Becker, Isabel Sá-Correia, Early
transcriptional response of Saccharomyces cerevisiae to stress imposed by the
herbicide 2,4-dichlorophenoxyacetic acid, FEMS Yeast Research 6 (2): 230-248 Mar.
2006.
[J.4] Alexandra M. Carvalho
and Ana T. Freitas and Arlindo L. Oliveira and Marie-France Sagot, An Efficient
Algorithm for the Identification of Structured Motifs in
[J.5] Nuno Mendes and Ana
Casimiro and Pedro M. Santos and Isabel Sá-Correia and Arlindo L. Oliveira and
Ana T. Freitas, MUSA: a parameter free algorithm for the identification of
biologically significant motifs, Bioinformatics, 22(24), pp. 2996-3002, Dec.
2006, Oxford Journals.
[J.6] Miguel C. Teixeira,
Paula Duque, Isabel Sá-Correia I, Environmental genomics: mechanistic insights
into toxicity of and resistance to the herbicide 2,4-D, Trends In Biotechnology
25 (8): 363-370 Aug. 2007.
[J.7] Pedro Monteiro and
Nuno Mendes and Miguel C. Teixeira and Sofia Orey and Sandra Tenreiro and Nuno
Mira and Hélio Pais and Alexandre P. Francisco and Alexandra M. Carvalho and
Artur Lourenço and Isabel Sá-Correia and Arlindo L. Oliveira and Ana T.
Freitas, YEASTRACT-DISCOVERER: new tools to improve the analysis of
transcriptional regulatory associations in Saccharomyces cerevisiae, Nucleic
Acids Research, Nov. 2007, doi:10.1093/nar/gkm976, Oxford University Press.
[J.8] Miguel C. Teixeira,
Paulo J. Dias, Tânia Simões, Isabel Sá-Correia, Yeast adaptation to mancozeb
involves the up-regulation of
Comunicações em conferências internacionais:
[C.1] Luis Russo and Arlindo
L. Oliveira, Faster Generation of Super Condensed Neighbourhoods Using Finite
Automata, String Processing and Information Retrieval, Nov. 2005, pp. 246-255,
Springer.
[C.2] Sara C. Madeira and
Arlindo L. Oliveira, A Linear Time Biclustering Algorithm for Time Series Gene
Expression Data, 5th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI), Oct. 2005
, pp. 39-52 , Springer.
[C.3] Luis Russo and Arlindo
L. Oliveira, An Efficient Algorithm for Generating Super Condensed
Neighborhoods, Combinatorial Pattern Matching: 16th Annual Symposium (CPM),
Jun. 2005 , pp. 104-115 , Springer.
[C.4] Pedro Monteiro and
Miguel C. Teixeira and Pooja Jain and Sandra Tenreiro and Alexandra R.
Fernandes and Nuno Mira and Marta Alenquer and Ana T. Freitas and Arlindo L.
Oliveira and Isabel Sá Correia, YEASTRACT: a database of transcription
regulatory associations in Saccharomyces cerevisiae, BKDB2005 - Bioinformatics:
Knowledge Discovery in Biology, Jun. 2005 , pp. 34-38 .
[C.5] Sara C. Madeira and
Arlindo L. Oliveira, A linear time biclustering algorithm for time series gene
expression data The Learning Workshop,
Mar. 2005.
[C.6] Alexandra M. Carvalho
and Ana T. Freitas and Arlindo L. Oliveira and Marie-France Sagot, A highly
scalable algorithm for the extraction of cis-regulatory regions, Proceedings of
the 3rd Asia Pacific Bioinformatics Conference, Jan. 2005 , pp. 273-282 ,
Imperial College Press.
[C.7] Luís M. S. Russo and
Arlindo L. Oliveira, A Compressed Self-index Using a Ziv-Lempel Dictionary,
String Processing and Information Retrieval, Oct. 2006 , pp. 163-180 ,
Springer.
[C.8] Luis Coelho and
Arlindo L. Oliveira, Dotted Suffix Trees: A Structure for Approximate Text
Indexing, String Processing and Information Retrieval, Oct. 2006 , pp. 329-336
, Springer.
[C.9] Dominik Beck and Jonas
S Almeida and Ana T. Freitas and Arlindo L. Oliveira and Susana Vinga, Chaos
Game Representation and Vector Quantization (
[C.10] Miguel Cacho Teixeira
and Pedro Monteiro and Sandra Tenreiro and Alexandra M. Carvalho and Nuno
Mendes and Ana Casimiro and Carlos Filipe Almeida de Oliveira and Christian Sá
Nogueira and Ana T. Freitas and Arlindo L. Oliveira and Isabel Sá Correia,
Analysis of transcription regulatory associations in Saccharomyces cerevisiae
using the YEASTRACT database. (Extended abstract)., 2nd FEMS Congress of
European Microbiologists, Jul. 2006.
[C.11] Sara C. Madeira and
Arlindo L. Oliveira, Discovering Modules in Time-Series Gene Expression Data using
Biclustering (Abstract), IFCS Conference on Data Science and Classification,
Jul. 2006.
[C.12] Nadia Pisanti and
Alexandra M. Carvalho and Laurent Marsan and Marie-France Sagot, RISOTTO: Fast
extraction of motifs with mismatches, Proceedings of the 7th Latin American
Theoretical Informatics Symposium, Mar. 2006 , pp. 757-768 , Springer.
[C.13] Teixeira M.C.,
Fernandes A.R., Mira N.P., Santos P.M., Simões T., Viegas C.A., Becker J.D.,
Sá-Correia I., “Global response to stress imposed by the herbicide 2,4-D in the
eukaryotic experimental model Saccharomyces cerevisiae”, 2nd FEMS Congress of
European Microbiologists, Madrid, Espanha, pp. 303, 4-8 Julho, 2006
[C.14] Teixeira M.C.,
Monteiro P., Tenreiro S., Mira N., Carvalho A.M., Mendes N., Casimiro A., Nogueira
C., Oliveira C., Freitas A.T., Oliveira A.L., Sá-Correia I., “Analysis of
transcription regulatory associations in Saccharomyces cerevisiae using the
YEASTRACT database”, Yeast Genetics and Molecular Biology Meeting, Princeton
University, New Jersey, USA, pp. 238,
25-30 Julho, 2006
[C.15] Sara C. Madeira and
Arlindo L. Oliveira, An Efficient Biclustering Algorithm for finding Genes with
Similar Patterns in Time-Series Expression Data, Asia Pacific Bioinformatics Conference,
pp. 67-80, Imperial College Press, Jan. 2007.
[C.16] Miguel C. Teixeira
and Pedro Monteiro and Sandra Tenreiro and Nuno P. Mira and Artur B. Lourenço
and Alexandra M. Carvalho and Nuno Mendes and Sofia Orey and Hélio Ernesto
Coronel Machado Pais and Ana T. Freitas and Arlindo L. Oliveira and Isabel
Sá-Correia, Analysis of transcription regulatory associations in Saccharomyces
cerevisiae using the YEASTRACT database, 3rd Conference on Physiology of Yeasts
and Filamentous Fungi, Jun. 2007
[C.17] Ana T. Freitas and
Ana P. Ramalho and Carlos A. Oliveira and Christian S. Nogueira and Miguel C.
Teixeira and Isabel Sá-Correia and Arlindo L. Oliveira, Identification of
cooperative mechanisms in transcription regulatory networks using
non-supervised learning techniques, ECML/PKDD workshop on Data Mining in
Functional Genomics and proteomics: Current Trends and Future Directions, Aug.
2007.
[C.18] André Martins and
Sara C. Madeira and Ana T. Freitas and Arlindo L. Oliveira, Identification of
transcriptional regulatory modules from time series expression data, promoter
sequences and documented reguatory interactions (Poster), ISMB/ECCB, Jul. 2007.
[C.19] Alexandra M. Carvalho and Arlindo L. Oliveira
and Marie-France Sagot, Efficient learning of Bayesian network classifiers: An
extension to the TAN classifier, Proceedings of the 20th Australian Joint
Conference on Artificial Intelligence, Dec. 2007 , pp. 16-25 , Springer-Verlag.
[C.20] Alexandra M. Carvalho and Arlindo L. Oliveira,
Learning Bayesian networks consistent with the optimal branching, Proceedings
of the 6th International Conference on Machine Learning and Applications, Dec.
2007.
[C.21] Luís M. S. Russo and Gonzalo Navarro and
Arlindo L. Oliveira, Approximate String Matching with Lempel-Ziv Compressed
Indexes, String Processing and Information Retrieval, Oct. 2007 , pp. 264-275 ,
Springer.
[C.22] Nuno Mendes and Ana Casimiro and Pedro Santos
and Isabel Sá-Correia and Arlindo L. Oliveira and Ana T. Freitas,
Identification of biologically relevant motifs in the promoter regions of
coordinately expressed Pseudomonas Putida genes using the new algorithm MUSA,
National Congress of Biochemistry, Dec. 2006 , pp. 100 , Aveiro.
[C.23] Miguel Teixeira and Pedro Monteiro and Nuno
Mira and Sandra Tenreiro and Ana T. Freitas and Arlindo L. Oliveira and Isabel
Sá-Correia, The YEASTRACT database: application to the analysis of
Saccharomyces Cerevisiae genome-wide expression data, National Congress of
Biochemistry, Dec. 2006 , pp. 30 , Aveiro.
[C.24] Arlindo L. Oliveira and Ana T. Freitas and
Isabel Sá-Correia, Bioinformatics: A New Approach for the Challenges of
Molecular Biology, Investigação científica na Universidade Técnica de Lisboa,
Jan. 2006 , Springer.
[C.25] Arlindo L. Oliveira, Computational methods for
the detection of biologically significant motifs in promoter sequences, Invited
talk at Micro’07-Biotec’07-XXXIII, Dec. 2007.
[C.26] Pedro Monteiro and Nuno Mendes and Miguel
Teixeira and Sofia d'Orey and Sandra Tenreiro and Nuno Mira and Hélio Pais and
Alexandre P. Francisco and Alexandra M. Carvalho and Artur Lourenço and Isabel
Sá-Correia and Arlindo L. Oliveira and Ana T. Freitas, Analysis of new and
known
[C.27] André Martins and Sara C. Madeira and Ana T.
Freitas and Isabel Sá-Correia and Arlindo L. Oliveira, Identifying regulatory
modules in the yeast Saccharomyces Cerevisiae transcriptional network involved
in stress response, Micro’07-Biotec’07-XXXIII, Dec. 2007.
Relatórios Técnicos:
[R.1] Sara C. Madeira and
Arlindo L. Oliveira, An Evaluation of Discretization Methods for Non-Supervised
Analysis of Time-Series Gene Expression Data, INESC-ID Tec. Rep. 42/2005, Dec 2005.
[R.2] Sara C. Madeira and
Arlindo L. Oliveira, A Linear Time Biclustering Algorithm for Time Series Gene
Expression Data, INESC-ID Tec. Rep. 4/2005, Mar 2005.
[R.3] Christian Sá
Nogueira and Carlos Filipe Almeida de Oliveira and Arlindo L. Oliveira and Ana
T. Freitas, Algoritmos para a inferência de Redes de Regulação de Genes,
INESC-ID Tec. Rep. 18/2006, Jul 2006.
[R.4] Sara C. Madeira and
Arlindo L. Oliveira, An Overview on Mixture and Hidden Markov Models of Gene
Expression in Time Series, INESC-ID Tec. Rep. 41/2006, Dec 2006.
[R.5] Artur Lourenço and
Mário Silva and Ana T. Freitas, A new methodology for the analysis and
validation of clusters and biclusters of genes, INESC-ID Tec. Rep. 6/2007, Feb
2007.
[R.6] Sara C. Madeira and
Joana P. Gonçalves and Arlindo L. Oliveira, Efficient Biclustering Algorithms
for identifying transcriptional regulation relationships using time series gene
expression data, INESC-ID Tec. Rep. 22/2007, Jul 2007.
Teses:
[T.1] Nuno Mendes, Inference
of Complex Motifs Using Biclustering Techniques, MSc Thesis, Instituto Superior
Técnico, Nov 2005 .
[T.2] Pedro Monteiro,
Sistema de gestão da informação genómica associada à regulação da transcrição
em Saccharomyces Cerevisiae, MSc Thesis, Instituto Superior Técnico, May 2005
.
[T.3] Ana Casimiro,
Análise da significância estatística de motivos em sequências de ADN,
Graduation Thesis, Instituto Superior Técnico, Sep 2005.
[T.4] Ana Ramalho,
Métodos de biclustering para a identificação de mecanismos de regulação genética,
MSc Thesis, Instituto Superior Técnico, Jul 2006.
[T.5] Christian Sá
Nogueira and Carlos Filipe Almeida de Oliveira, Algoritmos para a Inferência de
Redes de Regulação de Genes, Graduation Thesis,
[T.6] Artur Lourenço,
Análise e validação dos resultados obtidos por algoritmos de Biclustering
quando aplicados à identificação de redes de regulação genética, MSc Thesis,
Universidade de Lisboa, Feb 2007.
[T.7] Ana Cristina Mercê
Casimiro, Análise de sequências de ADN: contribuição do local de ocorrência
para identificação de motivos biológicos relevantes, MSc Thesis, Instituto
Superior Técnico, May 2007.
[T.8] Luís M. S. Russo,
Enhanced Full-Text Self-Indexes based on Lempel-Ziv Compression, PhD Thesis,
Instituto Superior Técnico, Oct 2007.
[T.9] Alexandra M.
Carvalho, Efficient algorithms for motif extraction in
[T.10] Sara C. Madeira,
Biclustering Algorithms for Biological Data Analysis, PhD Thesis, em preparação.
Aplicações computacionais:
[A.1] http://kdbio.inesc-id.pt/~asmc/software/riso.html
[A.2] http://kdbio.inesc-id.pt/~ndm/software/musa.html
Páginas Web:
[W.1] http://www.yeastract.com
[W.2]
http://www.yeastract.com/discoverer